Si raggiunge percorrendo la strada che dall’abitato di Tuoro sale verso il valico della Cima, a circa due kilometri fuori dal paese, superata la località Fontine, sulla sinistra. Della chiesa tuttavia non restano che i ruderi relativi alla parte absidale. Sant’Agata svolgeva funzione di chiesa parrocchiale di Tuoro. Doveva trattarsi di un edificio di dimensioni modeste e di impianto romanico eretto forse nel XII secolo non molto dissimile dalla chiesa di San Salvatore ad Isola Maggiore. Nel XIII secolo esattamente nel 1238, è ricordata tra le Chiese dipendenti dall’Abbazia di Farneta nei pressi di Cortona in Toscana. Diversamente nei primi decenni del trecento dipendeva dalla mensa vescovile di Perugia. La chiesa fu distrutta alla fine del XIV secolo, probabilmente ad opera di uno dei tanti eserciti e compagnie di ventura che tra il XIV ed il XV secolo assaltarono spesso i castelli del Trasimeno durante le guerre con il Comune di Perugia.

L’edificio non venne ricostruito forse perché l’abitato stava ormai espandendosi più a valle; al suo posto nel centro abitato sorse la chiesa di Santa Maria Maddalena.